Diez años después del conflicto entre la Federación de Comercio y el planeta natal de Padmé Amidala, Naboo, la República continúa envuelta en luchas y sumida en el caos. Un movimiento separatista formado por centenares de planetas y poderosas alianzas empresariales supone nuevas amenazas para la galaxia a las que ni siquiera los Jedi pueden poner freno. Estas maniobras, planeadas hace mucho por una poderosa fuerza aún desconocida, conducen al estallido de las Guerras de los Clones y al principio del fin de la República. Para contrarrestar la amenaza que se avecina, el Canciller Supremo, Palpatine, que sigue consolidando su poder, autoriza la creación de un Gran Ejército de la República para ayudar a los abrumados Jedis. Con tan preocupante panorama como telón de fondo, los caminos de Obi-Wan Kenobi, Padmé Amidala y Anakin Skywalker vuelven a cruzarse. Anakin se ha convertido en el consumado aprendiz de Jedi de Obi-Wan, quien, a su vez, ha experimentado la transición de alumno a maestro, mientras que Padmé, la antigua reina de Naboo, es ahora una distinguida senadora. A Anakin y a Obi-Wan se les encomienda la protección de Padmé, señalada como objetivo por unos asesinos. Investigando el misterio que se oculta detrás de la amenaza que pende sobre la vida de Padmé, Obi-Wan viaja a dos mundos distintos del límite exterior de la galaxia. Allí se tropieza con un temible cazador de recompensas cuyo papel en el misterio va más allá de las primeras sospechas de Obi-Wan. Éste también se cruza en el camino de un Maestro Jedi, antes reverenciado y ahora desilusionado, que encabeza el movimiento separatista. Alejado Obi-Wan por su vital misión, Anakin se queda para proteger a Padmé, primero en Naboo y luego en Tatooine, el planeta natal del joven Padawan, donde realiza un fatídico descubrimiento. Al aumentar la cercanía entre ambos, Anakin y Padmé se debaten entre el deber y el honor, y un amor que les está prohibido.

Set 10 years after the events in "The Phantom Menace". After an assassination attempt on the life of Senator Padme Amidala, Jedi Obi-Wan Kenobi and his Padawan learner Anakin Skywalker are sent to investigate. After tracking down the assassin, she is killed before any information can be driven out of her. The two Jedi are then sent on two different missions, Anakin is sent to Naboo with Padme and Obi-Wan is sent to the planet of Kamino where he will investigate the assassination attempts. Little does he know, he is investigating some of the biggest events of the Star Wars saga, as he finds out that there is a connection between the assassination attempts and a separatists movement led by a former Jedi against the Republic. The Galactic Republic finds itself at the brink of a civil war.